司法鉴定是鉴定的一种形式，除此以外，鉴定还包括自行鉴定、行政鉴定等。最高人民法院2001年11月16日发布的《人民法院司法鉴定工作暂行规定》，将司法鉴定界定为：“在诉讼过程中为查明案件事实，人民法院依据职权，或者应当事人及其他诉讼参与人的申请，指派或委托具有专门知识的人，对专门性问题进行检验、鉴别和评定的活动。”从上述规定中可以看出，鉴定程序的启动主体包括两种，一是人民法院，二是当事人及其他诉讼参与人。但是具体到工程造价的司法鉴定，笔者认为，应以当事人申请为原则，严格限制人民法院依职权提起。这是因为无论在理论上，还是审判实践中，鉴定结论都被视为一种重要的证据，我国《民事诉讼法》第六十三条也把鉴定结论明确规定为证据的一种形式，因此，申请鉴定属于当事人举证责任的范畴。而《证据规定》第二条规定：“当事人对自己提出的诉讼请求所依据的事实或者反驳对方诉讼请求所依据的事实有责任提供证据加以证明。没有证据或者证据不足以证明当事人的事实主张的，由负有举证责任的当事人承担不利后果。”针对人民法院调查收集证据的范围，《证据规定》第十五条进一步规定：“《民事诉讼法》第六十四条规定的‘人民法院认为审理案件需要的证据’，是指以下情形：(一)涉及可能有损国家利益、社会公共利益或者他人合法权益的事实;(二)涉及依职权追加当事人、中止诉讼、终结诉讼、回避等与实体争议无关的程序事项。”
从上述规定中，我们不难看出，工程造价司法鉴定程序的启动应主要依据当事人的申请，在特殊情况下才能由人民法院依职权委托。根据审判实践中出现的不同情形，我们可以进行进一步的分析。
1、人民法院依职权委托鉴定的情形
一般而言，工程价款争议主要是平等主体的建设单位和施工单位之间实体权利义务之争，但在特殊情况下，也可能涉及国家利益、社会公共利益或者他人合法权益，此时，如果当事人不提出鉴定申请，人民法院就应该依职权启动鉴定程序。
根据建设工程施工合同纠纷案件的特点，借鉴《中华人民共和国招标投标法》的相关规定，前述“特殊情况”主要是指对以下工程价款发生的争议：(一)大型基础设施、公用事业等关系社会公共利益、公众安全的工程建设项目;(二)全部或者主要使用国有资金投资或者国家融资的工程建设项目;(三)使用国际组织或者外国政府贷款、援助资金的工程建设项目。
2、施工单位申请鉴定的情形
在建设工程施工合同纠纷案件中，作为原告追索工程欠款的施工单位负有向法庭提供证据证明其主张的责任。但当其提供了施工资料、结算报告以后，其举证责任是否完成，实践中存有争议。有人认为，施工单位垫付了大量的建设费用，完成了工程项目，建设单位在竣工验收后，就负有与其结算工程款的法定义务。当施工单位提供了施工资料和结算报告以后，其举证责任已经完成，如果建设单位对结算报告持有异议，应由其申请司法鉴定。
笔者认为，上述观点欠妥，因为举证责任的分配涉及诉讼双方当事人争议事实由谁提供证据加以证明，关系到当事人不能举证、举证不充分时所承担的法律后果等问题，因此，举证责任的分配必须有明确的法律依据和充分的法理基础。
《证据规定》第二条规定当事人对自己提出的诉讼请求所依据的事实负有举证责任，施工单位向建设单位追索工程欠款，就负有向法庭提供证据证明欠款事实的责任。由于其提供的结算报告系依据施工资料单方作出，而施工资料的专业性极强，使仅具有一般社会理性和认知能力的法官无法对该事实作出准确认定，此时，法官必须求助于具有专门知识的鉴定人才能发现事实之真相，而司法鉴定就是揭示当事人举证材料与待证事实之间联系的有效手段。因此，从举证责任的角度来说，施工单位仅提供施工资料，应视为其举证不充分，申请鉴定是施工单位继续履行举证责任、证明自己诉讼主张的一项义务。
如果施工单位不申请工程造价鉴定，或者是申请鉴定后拒绝交纳鉴定费用，或者拒不提供相关施工材料，致使人民法院对双方争议的工程价款无法通过鉴定结论予以认定的，人民法院应当根据举证责任的分配原则、“高度盖然性”的证明标准，对施工单位作出不利判决。
3、建设单位申请鉴定的情形
在审判实践中，建设单位申请鉴定的情形主要有二种：
一是在双方对工程造价存有争议的情况下，建设单位主动提出鉴定申请。
如前所述，对工程造价的举证责任在于施工单位，但在有些情况下，施工单位未提出鉴定申请，而建设单位出于确定工程价款、明确双方权利义务关系之目的提出了鉴定申请，这时人民法院亦应准许。
二是施工单位提供了自行委托得出的鉴定结论，建设单位提出重新鉴定的申请。
施工单位在起诉前，为了增加其证据的证明力，有时自行委托有关部门先行鉴定，并以此作为诉讼依据。按照《证据规定》第二十八条规定：“一方当事人自行委托有关部门作出的鉴定结论，另一方当事人有证据足以反驳并申请重新鉴定的，人民法院应予准许。”此时，建设单位可以对自行鉴定的鉴定人资格、鉴定依据、鉴定程序的真实性、合法性、科学性、公正性进行质疑，如果能够证明鉴定结论具有不可采性，并申请重新鉴定的，人民法院应予准许。
需要说明的是，如果建设单位证明了鉴定结论具有不可采性，但未申请重新鉴定的，举证不充分的法律责任仍应由施工单位承担。