医保卡在住院时的使用方式是：出具医保卡，让统一的医保结算系统读取参保人资料，办理住院号，在出院结算时，医保系统就不收取该报销的部分。具体报销比例各个地方不一样，一般根据实际花销的额度按照比例确定。

《社会保险法》第二十八条符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。第二十九条参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。