1、不同植株发生的根腐病治疗方法和所用药物不一样，例如小麦根腐病用50%扑海因或50%菌核净，每hm2用药500～750g喷雾；西红柿根腐病可用百泰（杀菌剂）1000-1500倍液加沃家福（促生根）1000倍液灌根。

2、根腐病可以增施微生物菌肥em菌原液，改善生存环境。提高有机质含量，改善土壤结构，活化土层，抑制病虫害原体，防治根腐病等病害。

3、而且播种前，种子可用种子重量0.3%的退菌特或种子重量0.1%的粉锈宁拌种，或用80%的402抗菌剂乳油2000倍液浸种5小时；插穗基部也可用同样浓度药液浸1小时后扦插，这样能有效预防根腐病。