公司不可以用年休假抵扣病假。根据劳动部《关于贯彻执行＜中华人民共和国劳动法＞若干问题的意见》（劳部发〔1995〕319号）第59条规定劳动者患病享有病假的权利病假期间在法定医疗期内用人单位应当支付病假工资病假工资的标准由用人单位按照不低于当地最低工资标准81%依法自主确定。而年休假是法律规定的劳动者享有的带薪休假权利。用人单位不可以用年休假抵扣病假但劳动者本人为不影响工资收入主动要求抵扣的除外。但根据国务院《职工带薪年休假条例》第四条规定劳动者当年病假时间属于下列情形之一的不享受当年年休假。已经享受当年年休假的不能享受下年度年休假：1累计工作满1年不满11年的职工请病假累计2个月以上的；2累计工作满11年不满21年的职工请病假累计3个月以上的；3累计工作满21年以上的职工请病假累计4个月以上的。国务院《职工带薪年休假条例》第二条机关团体企业事业单位民办非企业单位有雇工的个体工商户等单位的职工连续工作1年以上的享受带薪年休假（以下简称年休假）。单位应当保证职工享受年休假。职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。第四条职工有下列情形之一的不享受当年的年休假：

（一）职工依法享受寒暑假其休假天数多于年休假天数的；

（二）职工请事假累计21天以上且单位按照规定不扣工资的；

（三）累计工作满1年不满11年的职工请病假累计2个月以上的；

（四）累计工作满11年不满21年的职工请病假累计3个月以上的；

（五）累计工作满21年以上的职工请病假累计4个月以上的。劳动部《企业职工带薪年休假实施办法》第八条职工已享受当年的年休假年度内又出现条例第四条第（二）（三）（四）

（五）项规定情形之一的不享受下一年度的年休假。劳动部《关于贯彻执行＜中华人民共和国劳动法＞若干问题的意见》劳部发〔1995〕319号59．职工患病或非因工负伤治疗期间在规定的医疗期间内由企业按有关规定支付其病假工资或疾病救济费病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付但不能低于最低工资标准的81％。劳动部《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》劳部发〔1994〕479号第三条企业职工因患病或非因工负伤需要停止工作医疗时根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限给予三个月到二十四个月的医疗期：

（一）实际工作年限十年以下的在本单位工作年限五年以下的为三个月；五年以上的为六个月。

（二）实际工作年限十年以上的在本单位工作年限五年以下的为六个月；五年以上十年以下的为九个月；十年以上十五年以下的为十二个月；十五年以上二十年以下的为十八个月；二十年以上的为二十四个月。