税务局查银行流水可能会导致涉税问题被发现并触发税务处罚，如补交税款、罚款等。对于涉及逃税、偷税等违法行为，还可能涉及刑事责任。

根据我国《中华人民共和国税收征收管理法》和《税务登记管理办法》等相关法律法规，纳税人应当按期申报纳税信息，并保留相关凭证和记录。税务机关有权要求纳税人提供相关资料，包括银行流水等信息。如果税务机关查银行流水发现涉及逃税、偷税等违法行为，可能会对当事人进行税务处罚。比如，要求补交欠税款、加收滞纳金、罚款等。对于涉及重大违法行为，还可能立案追究刑事责任。同时，税务机关在查银行流水时也需要遵守法定程序。纳税人的银行账户信息是隐私信息，在获取时需要经过合法授权，否则属于非法获取个人信息。

税务机关查银行流水时需要遵守哪些程序？税务机关查银行流水需要先进行依法授权，如取得相关调查函等文件。同时，需要明确调查范围和目的，并保护纳税人的隐私权。

税务局查银行流水的后果可能涉及税务处罚和刑事责任，因此纳税人在遵守税收法律法规的前提下，应当保留好相关凭证和记录。税务机关在查银行流水时要遵循法定程序并保护纳税人的隐私权。

【法律依据】：《中华人民共和国税收征收管理法》第五十五条税务机关依法查验、调查纳税人和扣缴义务人的有关财务账表、凭证、资料和其他相关资料。