员工自动离职仍然会有工资。只要是工作了，不管是工作几天，都会有工资的。一般在劳动者与用人单位办理工作交接之后，用人单位支付相应的工资。如果单位不支付的，可以进行仲裁。
《劳动合同法》第三十七条劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。《劳动法》第四十六条工资分配应当遵循按劳分配原则，实行同工同酬。工资水平在经济发展的基础上逐步提高。国家对工资总量实行宏观调控。第五十条工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。