法律分析：土地管理法规定和农村宅基地管理办法规定，宅基地确权一般是由乡土地所或者县土地管理局土地来管理的。我国的农村宅基通常还要让村上批，乡里备案。如果宅基地发生了纠纷，那么就是由乡级、县级经管站来负责仲裁处理。如果当事人一方对仲裁不服，那么可以向基层人民法院提起民事诉讼。

法律依据：《中华人民共和国土地管理法》第六十二条规定，农村村民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。

农村村民建住宅，应当符合乡（镇）土地利用总体规划，并尽量使用原有的宅基地和村内空闲地。

农村村民住宅用地，经乡（镇）人民政府审核，由县级人民政府批准；其中，涉及占用农用地的，依照本法第四十四条的规定办理审批手续。

农村村民出卖、出租住房后，再申请宅基地的，不予批准。以上就是有关农村宅基地归哪个部门管的相关情况。