农村宅基地使用权人与他人合资建房后发生的房屋产权纠纷，因涉及宅基地使用权，处理时应先征求土地管理部门的意见，如主管部门批准双方共同使用宅基地的，可以判决明确各自的房屋产权;如主管部门不批准双方共同使用该宅基地的，可以明确对房屋各自的份额后，判决房屋产权给有宅基地使用权的人。

法律依据:

《中华人民共和国土地管理法》第四十四条建设占用土地，涉及农用地转为建设用地的，应当办理农用地转用审批手续。

永久基本农田转为建设用地的，由国务院批准。

在土地利用总体规划确定的城市和村庄、集镇建设用地规模范围内，为实施该规划而将永久基本农田以外的农用地转为建设用地的，按土地利用年度计划分批次按照国务院规定由原批准土地利用总体规划的机关或者其授权的机关批准。在已批准的农用地转用范围内，具体建设项目用地可以由市、县人民政府批准。

在土地利用总体规划确定的城市和村庄、集镇建设用地规模范围外，将永久基本农田以外的农用地转为建设用地的，由国务院或者国务院授权的省、自治区、直辖市人民政府批准。