如果员工操作不当给造成公司经济损失，公司当然有权要求员工赔偿损失，赔偿部分可以从工资中予以扣除。根据规定因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。员工操作不当造成公司经济损失赔偿，可由用人单位从劳动者本人的工资中扣除。扣除的部分不得超过劳动者当月工资收入的20%，且扣除后的剩余工资不得低于本市规定的标准。法律依据：《工资支付暂行规定》第十六条 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。