纳税人登录增值税发票综合服务平台，通过“抵扣勾选”模块，选择“增值税电子专用发票”这个类型，可以直接查询到符合勾选条件的发票，进行勾选操作即可。勾选完成的增值税电子专用发票，也需要在申报期进行抵扣统计表的生成和确认，然后才能作为当期抵扣的依据。一：插入开票盘方式登录。登录电子税务局系统后，在【我要办税】-【发票使用】-【其他】-【发票认证】模块跳转链接至“增值税发票综合服务平台”系统后插入开票盘输入密码登录。二：实名认证方式登录。登录电子税务局系统后，在【我要办税】-【发票使用】-【增值税发票综合服务平台】-【发票抵扣】模块进行实名采集认证后可直接登录综合服务平台(注;如需变更采集人员，可在【我的信息】-【用户信息管理】-【授权信息】模块里添加用户信息。具体认证抵扣步骤如下：（一）进入【抵扣勾选-发票抵扣勾选】模块，勾选用于申报抵扣的增值税电子专用发票。（二）根据需要输入或选择相关查询条件，点击【查询】按钮，在勾选操作区会显示符合查询条件的发票。勾选纳税人本期需要抵扣的发票，系统默认的有效税额为发票税额，可修改并输入大于零、小于等于发票税额的实际发生有效税额，剩余税额（税额-有效税额）则自动构成不抵扣。（三）本次需要勾选的发票全部勾选完成后，点击【提交】按钮。（四）完成本月全部进项票勾选后，进入【抵扣勾选统计】模块，完成对当前税款所属期勾选数据的统计申请。点击右上角【申请统计】，系统将锁定当期抵扣勾选操作，并显示当前属期抵扣合计数据。（五）核对统计表数据后，点击【确认】按钮，系统会弹出提示信息对话框，确定保存后，发票统计表中抵扣项下的有效税额将成为纳税人当期申报的进项依据。电子专票属于增值税专用发票，其法律效力、基本用途、基本使用规定等与增值税纸质专用发票（以下简称“纸质专票”）相同。与纸质专票相比，电子专票具有以下几方面优点：1、发票样式更简洁。电子专票进一步简化发票票面样式，采用电子签名代替原发票专用章，将“货物或应税劳务、服务名称”栏次名称简化为“项目名称”，取消了原销售方，（章）栏次，使电子专票的开具更加简便。2、领用方式更快捷。纳税人可以选择办税服务厅、电子税务局等渠道领用电子专票。通过网上申领方式领用电子专票，纳税人可以实现即领即用。3、远程交付更便利。纳税人可以通过电子邮箱、二维码等方式交付电子专票，与纸质专票现场交付、邮寄交付等方式相比，发票交付的速度更快，也更有利于企业通过税控平台软件整合业务系统与增值税税控开票系统.4、财务管理更高效。电子专票属于电子会计凭证，纳税人可以便捷获取数字化的票面明细信息，并据此提升财务管理水平。同时，纳税人可以通过全国增值税发票查验平台下载增值税电子发票版式文件阅读器，查阅电子专票并验证电子签名有效性，降低接收假发票的风险。增值税专用发票是增值税一般纳税人开具的发票，经过认证后，可以做为进项税额，在申报时抵扣购进货物时已缴纳的增值税。

法律依据：《增值税专用发票使用规定》第二条专用发票，是增值税一般纳税人(以下简称一般纳税人)销售货物或者提供应税劳务开具的发票，是购买方支付增值税额并可按照增值税有关规定据以抵扣增值税进项税额的凭证。第三条一般纳税人应通过增值税防伪税控系统(以下简称防伪税控系统)使用专用发票。使用，包括领购、开具、缴销、认证纸质专用发票及其相应的数据电文。本规定所称防伪税控系统，是指经国务院同意推行的，使用专用设备和通用设备、运用数字密码和电子存储技术管理专用发票的计算机管理系统。本规定所称专用设备，是指金税卡、IC卡、读卡器和其他设备。本规定所称通用设备，是指计算机、打印机、扫描器具和其他设备。第四条专用发票由基本联次或者基本联次附加其他联次构成，基本联次为三联：发票联、抵扣联和记账联。发票联，作为购买方核算采购成本和增值税进项税额的记账凭证；抵扣联，作为购买方报送主管税务机关认证和留存备查的凭证；记账联，作为销售方核算销售收入和增值税销项税额的记账凭证。其他联次用途，由一般纳税人自行确定。