主动申请离职和自离的区别是法律后果不同，主动申请离职是可以正常的结算工资的，实践中，劳动者自离后用人单位会扣押劳动者的工资，劳动者应当依法回原用人单位办理离职手续，用人单位依法出具解除劳动合同证明，依法结清工资，劳动者因自离给用人单位造成损失的，劳动者需要承担赔偿责任。《劳动合同法》第三十七条　劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。

《中华人民共和国劳动法》第二十六条有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同，但是应当提前三十日以书面形式通知劳动者本人：（一）劳动者患病或者非因工负伤，医疗期满后，不能从事原工作也不能从事由用人单位另行安排的工作的；（二）劳动者不能胜任工作，经过培训或者调整工作岗位，仍不能胜任工作的；（三）劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使原劳动合同无法履行，经当事人协商不能就变更劳动合同达成协议的。