律师分析：

商铺使用权40年到期后应该根据当时的地价水平补缴土地出让金，再次申请土地使用权。商业用地全国统一执行的土地使用年限为40年，届满时可以提前一年提出续期申请。

【法律依据】：

《城市房地产管理法》第二十一条土地使用权出让合同约定的年限届满，土地使用者需要继续使用的，应当至迟于届满前一年申请续期，除根据社会公共利益需要收回该幅土地的，应当予以批准。续期的，应重新签订土地使用权出让合同，依照规定支付土地使用权出让金。