主要难在三个方面：劳动关系的认定、工伤赔偿的主体确定、民工法制观念淡薄。

第一，证明自身与工作单位的劳动关系是进行工伤认定的首要条件，若是连劳动关系都无法证明，工伤认定将无法进行。但是现实生活中很多用人单位用人不规范，劳动者又没有相关的意识保留证据，导致劳动关系认定十分困难。

第二，工伤赔偿主体的确定也是非法用工市场工伤认定的一大难题。按照现行《劳动法》规定，用人单位必须首先具备用人资质，即必须是用人单位而非个人。但现实中，大量没有营业执照而以用人单位名义招用农民工的非法用工主体大量存在。

第三，民工法制观念淡薄，为工伤认定带来了诸多不利。由于自身法制观念淡薄，许多民工在发生工伤事故后，或与用人单位私了；或一拖再拖，延误了工伤认定的时机；或为了保住工作，选择忍气吞声。

申请工伤鉴定，并提交下列材料：

(一)原件和复印件;

(二)有效的诊断证明、按照医疗机构病历管理有关规定复印或者复制的检查、检验报告等完整病历材料。

(三)工伤职工的居民身份证或者社会保障卡等其他有效身份证明原件和复印件。

(四)劳动能力鉴定委员会规定的其他材料。

工伤认定申请应当提交下列材料：

（一）工伤认定申请表；

（二）与用人单位存在劳动关系（包括事实劳动关系）的证明材料；

（三）医疗诊断证明或者职业病诊断证明书（或者职业病诊断鉴定书）。工伤认定申请表应当包括事故发生的时间、地点、原因以及职工伤害程度等基本情况。工伤认定申请人提供材料不完整的，社会保险行政部门应当一次性书面告知工伤认定申请人需要补正的全部材料。申请人按照书面告知要求补正材料后，社会保险行政部门应当受理。

法律依据：

《中华人民共和国社会保险法》

第三十六条

职工因工作原因受到事故伤害或者患职业病，且经工伤认定的，享受工伤保险待遇;其中，经劳动能力鉴定丧失劳动能力的，享受伤残待遇。工伤认定和劳动能力鉴定应当简捷、方便。