税务稽查查到企业善意取得虚假以及虚开的增值税专用发票，税务机关应追缴税款，并按照征管法规定加收滞纳金。

【本文关联的相关法律依据】

《中华人民共和国发票管理办法》第三十九条有下列情形之一的，由税务机关处1万元以上5万元以下的罚款节严重的，处5万元以上50万元以下的罚款违法所得的予以没收:

(一)转借、转让、介绍他人转让发票、发票监制章和发票防伪专用品的(二)知道或者应当知道是私自印制、伪造、变造、非法取得或者废止的发票而受让、开具、存放、携带、邮寄、运输的。