1、工程欠款的违约金的计算方式由双方自行协商确定，合同中约定违约责任并明确违约金具体数额的，从其约定;如果没有约定，按照法律规定处理，如：支付定金一方违约的，定金不予返还;收取定金一方违约的，双倍返还定金。双方都有过错的，按照各自过错程度分担。违约金不足以弥补损失的，可以要求违约方按对方所受损失进行赔偿;违约金过高的也可以请求减少赔偿金额。

2、违约金有约定按约定，没有约定的，参照实际损失计算。

3、当事人没有约定利息而约定了迟延付款违约金的情况下的处理方式

《施工合同司法解释》对当事人欠付工程款利息作出了规定。但在实践中，常有合同没有约定逾期付款利息，而是约定“逾期付款违约金”，且该违约金通常要比银行利息高出许多，如何认定该违约金的性质与效力呢?有观点认为，逾期付款违约金就是关于利息的约定，自然适用《施工合同司法解释》的规定。违约金与利息有着诸多不同之处，体现在

第一、违约金在性质上是违约责任形式，而利息是物的法定孳息〖孳息，是指原物产生的物，法定孳息是原物根据法律规定带来的物，如存款利息、股利、租金等〗，前者是基于债权而产生的，后者则具备物权〖物权，是指权利人依法对特定的物享有直接支配和排他的权利，包括所有权、用益物权和担保物权〗的性质;

第二、违约金基于对方的违约而存在，兼具补偿性〖补偿性，是指对任何迟延履行的金钱债务，都应当对债务人加收同期银行贷款利息，以补偿债权人在债务人迟延履行债务期间所受到的损失，体现公平原则〗和惩罚性，而利息基于对物的所有而取得，具有对物的收益性;

第三、违约金是一把双刃剑，通常合同中在约定迟延付款违约金的同时也约定了迟延交付违约金，而利息则固定的属单方收益权;

第四，违约金的多少由双方约定，双方约定的违约金过高，守约方未遭受损失的，违约方可请求酌情降低违约金数额，但需对守约方的损失负举证责任，利息的多少可以由双方约定，但不得超过法律规定，违约方对利息高低的合理性不负举证责任。