双方长期分居夫妻关系不能自动解除。想要解除婚姻关系只能通过离婚，或者一方死亡以及宣告死亡。如果双方因感情不和分居满两年，可以提起诉讼离婚，法院调解无效认定双方感情确已破裂的，会判决准予离婚。

【本文关联的相关法律依据】

《中华人民共和国民法典》

第一千零七十九条夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。

人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。

有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：

（一）重婚或者与他人同居；

（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；

（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；

（四）因感情不和分居满二年；

（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。

一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。

经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。