一、举证

公司以“员工旷工三天以上”为由解除与员工的劳动合同，应就其单方解除劳动合同的合法性承担举证责任。

通常公司会提交《员工手册》、《电子考勤记录》等证据证明其系合法解除劳动合同。但如果员工方对上述证据提出异议：《员工手册》非经合法程序制定并公示；《电子考勤记录》系单方出具，没有员工签名确认。那么，法院通常会对上述证据不予采信。公司解除劳动合同的合法性将不被认可。

因此，公司在以上述理由解除劳动合同时，务必收集合法有效的证据才足以被采信和认可。

二、法律关系的认定

公司以旷工为由解除劳动合同的合法性不被认可，那么，是否就意味着公司系违法解除劳动合同？实务中还需要依据具体情形而定。

1、如果员工在争议的旷工日期之后一直未回或未要求回公司上班，而是在收到解除劳动合同通知书后直接提起劳动仲裁，要求公司支付违法解除劳动合同的双倍赔偿金。而实务中对此则认定为“视为由公司提出、经双方协商一致解除劳动合同”，公司只需支付一倍的经济补偿金。

2、如果员工在争议的旷工日期后要求回公司上班，并在收到解除劳动合同通知书后提起劳动仲裁，那么在此情况下，一旦公司以旷工为由解除劳动合同的合法性不被认可，将被认定为“违法解除劳动合同”，应支付双倍的赔偿金。

上述分析可以看出，细节很关键，有的时候可能扭转整个案件的判决结果。在此也提醒员工，在遇到上述纠纷时，要注意细节，并收集好相关的证据材料，必要时可事先咨询律师，协助解决纠纷。