自然人可以开运输发票，未在税务局办理税务登记证的个人，要去税务局代开；已在税务局办理税务登记证的个人，可以直接申请代开货物运输业增值税专用发票。不申请办理税务登记的，只能申请代开增值税普通发票。

《中华人民共和国发票管理办法》第十五条需要领购发票的单位和个人，应当持税务登记证件、经办人身份证明、按照国务院税务主管部门规定式样制作的发票专用章的印模，向主管税务机关办理发票领购手续。主管税务机关根据领购单位和个人的经营范围和规模，确认领购发票的种类、数量以及领购方式，在5个工作日内发给发票领购簿。单位和个人领购发票时，应当按照税务机关的规定报告发票使用情况，税务机关应当按照规定进行查验。