法律分析：

建设工程施工合同已开始履行但尚未履行完毕被确认无效的后果。于建设工程施工合同尚未履行完毕就被确认无效的情形，笔者认为，不能按一般无效合同的处理原则实行恢复原状或双方返还，应区分不同的情况处理。第一种情况，已完成部分工程质量低劣，无法补救或所建工程在防洪区域内对防洪工程构成威胁的，应按照一般无效合同的处理原则，已经完成部分工程应拆除，建设方支付的工程款应返还。第二种情况，工程质量完全合格，也未违反国家和地方政府的计划，则已完成的建设工程归建设方所有，承包方所付出的劳动由建设方折价补偿给施工方，折价时应该按照合同约定的工程价款比例折价。

法律依据：

《最高院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》

第二条建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。

第三条建设工程施工合同无效，且建设工程经竣工验收不合格的，按照以下情形分别处理：

(一)修复后的建设工程经竣工验收合格，发包人请求承包人承担修复费用的，应予支持;

(二)修复后的建设工程经竣工验收不合格，承包人请求支付工程价款的，不予支持。

因建设工程不合格造成的损失，发包人有过错的，也应承担相应的民事责任。