法律分析：当申请土地用途变更被拒绝时，申请人可以采取以下措施：

1.提起行政复议或行政诉讼：申请人可以向上级主管部门提起行政复议，或者向人民法院提起行政诉讼，要求撤销原决定。

2.重新申请：申请人可以收集更多的相关材料和证据，重新申请土地用途变更。

3.协商解决：申请人可以与相关部门进行沟通和协商，寻求妥善解决的途径。

法律依据：

《中华人民共和国土地管理法》第四十八条：用途变更应当依据城乡规划部门的城乡规划和相关国家标准进行。

《中华人民共和国土地管理法》第四十九条：土地用途变更应当符合国家宏观调控政策和土地利用总体规划，不得妨碍农业生产和生态安全。

《中华人民共和国土地管理法》第五十条：对不符合本法规定的用途变更申请，县级以上人民政府土地行政主管部门应当作出不予批准的决定，并告知申请人。