分公司和总公司的发票应作以下处理：

1、若是独立核算的，可以相互开发票，但需要按市场公允价格来计算，否则涉嫌关联交易；

2、若不是独立核算且在同一个区域内，或者经税务机关审批同意汇总缴纳的，可以汇总来汇算企业所得税；

3、其他处理方式。

一、成立分公司的流程是什么

成立分公司的流程如下：

1、进行分公司名称核准；

2、到分公司注册登记所在区的工商局申请办理；

3、提交分公司注册登记申请材料，办理工商营业执照；

4、刻章，分公司营业执照出来后，可以刻分公司公章、财务章、负责人的印章；

5、办理税务登记证。

步骤办理完毕后，分公司注册就基本完成了。如果是独立核算的分公司，还需开设分公司银行帐户并申请发票。

【本文关联的相关法律依据】

《中华人民共和国公司法》第七条

依法设立的公司，由公司登记机关发给公司营业执照。公司营业执照签发日期为公司成立日期。

公司营业执照应当载明公司的名称、住所、注册资本、经营范围、法定代表人姓名等事项。

公司营业执照记载的事项发生变更的，公司应当依法办理变更登记，由公司登记机关换发营业执照。

第十四条

公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。

公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。