不会自动停止交农村养老保险。在单位参加了社保后，可以不再参加农村合作医疗保险及城乡居民养老保险（新农保）。如果在同一个社保统筹区，已经交了农保的，必须要到户籍所在地的乡镇社保中心办理变更手续，才能由农保改交为社保，等退休的时候如果按职工养老保险的手续退休,农村养老保险你自己缴纳的那部分是可以把钱退回来的。如果在统筹区外，可以直接缴纳社保，而将农保停止缴纳。,法律依据,《中华人民共和国社会保险法》第二条国家建立基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险、生育保险等社会保险制度,保障公民在年老、疾病、工伤、失业、生育等情况下依法从国家和社会获得物质帮助的权利。《中华人民共和国社会保险法》第二十六条职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规章执行。《中华人民共和国社会保险法》第二十八条符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规章从基本医疗保险基金中支付。,法律依据,《中华人民共和国社会保险法全文》第二条 国家建立基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险、生育保险等社会保险制度，保障公民在年老、疾病、工伤、失业、生育等情况下依法从国家和社会获得物质帮助的权利。,《中华人民共和国社会保险法全文》第二十六条 职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规章执行。,《中华人民共和国社会保险法全文》第二十八条 符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规章从基本医疗保险基金中支付。