(一)妨害传染病防治罪与传染菌种、毒种扩散罪

虽然这两种罪侵害的同类客体为公共卫生秩序，主观方面都表现为过失，其危害结果都与公共卫生疾病有关。但前者客观方面表现为违反传染病防治法的规定，引起甲类传染病疾病传播或者有传播严重危险的行为;而后者则表现为从事实验、保藏、携带、运输传染病菌种、毒种的人员，违反国务院卫生行政部门的有关规定，引起传染病菌种、毒种扩散的行为。前者的主体为一般主体，而后者的主体特指为从事实验、保藏、携带、运输传染病菌种、毒种的人员。前者引起的危害结果引起甲类传染病疾病传播或者有传播严重危险;而后者的危害结果则是引起传染病菌种、毒种扩散，这里的菌种、毒种是指可能引起传染病发生的细菌菌种、病毒毒种。前者的行为方式为法律规定为几种具体的过失情形;而后者则没有具体规定。

(二)妨害传染病防治罪与妨害国境卫生检疫罪

虽然这两种罪侵害的同类客体为公共卫生秩序，主观方面都表现为过失，其危害结果都与公共卫生疾病有关。但前者客观方面表现为违反传染病防治法的规定，引起甲类传染病疾病传播或者有传播严重危险的行为;而后者则表现为违反国境卫生检疫规定，引起检疫传染病传播或者有传播危险的行为。前者的行为方式法律规定为诸如供水单位供应的饮用水不符合国家规定的卫生标准等几种具体的过失情形;而后则表现为妨害国境卫生检疫的过失行为。前者危害结果为引起甲类传染病疾病传播或者有传播严重危险;而后者的危害结果则为引起检疫传染病传播或者有传播危险。根据《卫生检疫法》，所谓检疫传染病是指鼠疫、霍乱、黄热病以及国务院确定后公布的其他传染病，如非典型肺炎、艾滋病等等。

一、传染病菌种、毒种扩散罪构成要件

本罪侵犯的客体是国家关于传染病防治的管理制度，具体是国家的传染病菌种、毒种管理制度。

本罪的对象是传染病菌种、毒种。所谓传染病毒种、菌种，根据《传染病防治》第16条的规定，分为下列三类：

一类：鼠疫耶尔森氏菌、霍乱弧菌；天花病毒、艾滋病病毒；

二类：希氏菌、炭疽菌、麻风杆菌、肝炎病毒、狂犬病毒、出血热病毒、登革热病毒；斑疹伤寒立克次体；

三类：脑膜炎双球菌、链球菌、淋病双球菌、结核杆菌、百日咳嗜血杆菌、白喉棒状杆菌、沙门氏菌、志贺氏菌、破伤风梭状杆菌；钩端螺旋体、梅毒螺旋体；乙型脑炎病毒、脊髓灰质炎病毒、流感病毒、流行性肋腺炎病毒、麻疹病毒、风疹病毒。

本罪在客观方面表现为行为人违反国务院卫生行政部门的有关规定，造成传染病菌种、毒种扩散，后果严重的行为。

本罪的主体为特殊主体，只限于从事实验、保藏、携带、运输传染病菌种、毒种的人员，而且只能是依照国家有关规定享有从事传染病菌种、毒种实验、保藏、携带、运输工作资格的单位中的直接负责的主管人员和其他直接责任人员。不具有从事传染病菌种、毒种实验、保藏、携带、运输的资格，而擅自从事上述事务，因而引起菌种、毒种扩散的，不能以本罪论。单位不能成为本罪主体。

本罪在主观方面表现为过失。即行为人对其违反国务院卫生行政部门的有关规定造成的后果是出于过失的心理态度。至于行为人违反规定的行为本身当然是故意的，但由于行为人对损害结果的发生出于过失，所以本罪仍然属于过失犯罪。