法律分析：一、过年休假扣工资合法吗？
是否合法就要看实际的情况才能作出决定；休年假如果扣工资就是属于不合法的。
《职工带薪年休假条例》第二条规定
机关、团体、企业、事业单位、民办非企业单位、有雇工的个体工商户等单位的职工连续工作1年以上的，享受带薪年休假(以下简称年休假)。单位应当保证职工享受年休假。职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。
二、职工有下列情形之一的，不享受当年的年休假：
(一)职工依法享受寒暑假，其休假天数多于年休假天数的;
(二)职工请事假累计20天以上且单位按照规定不扣工资的;
(三)累计工作满1年不满10年的职工，请病假累计2个月以上的;
(四)累计工作满10年不满20年的职工，请病假累计3个月以上的;
(五)累计工作满20年以上的职工，请病假累计4个月以上的
三、公司在什么情况下可以扣工资?
劳动法明确规定“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”但是，用人单位在特定的情况下也可以扣除劳动者工资。
1、用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：
(1)用人单位代扣代缴的个人所得税;
(2)用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用;
(3)法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费;
(4)法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。
2、因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
四、职工带薪年休假条例
第一条
为了维护职工休息休假权利，调动职工工作积极性，根据劳动法和公务员法，制定本条例。
第二条
机关、团体、企业、事业单位、民办非企业单位、有雇工的个体工商户等单位的职工连续工作1年以上的，享受带薪年休假(以下简称年休假)。单位应当保证职工享受年休假。职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。
第三条
职工累计工作已满1年不满10年的，年休假5天;已满10年不满20年的，年休假10天;已满20年的，年休假15天。
国家法定休假日、休息日不计入年休假的假期。
第四条
职工有下列情形之一的，不享受当年的年休假：
(一)职工依法享受寒暑假，其休假天数多于年休假天数的;
(二)职工请事假累计20天以上且单位按照规定不扣工资的;
(三)累计工作满1年不满10年的职工，请病假累计2个月以上的;
(四)累计工作满10年不满20年的职工，请病假累计3个月以上的;
(五)累计工作满20年以上的职工，请病假累计4个月以上的。
第五条
《职工带薪年休假条例》
单位根据生产、工作的具体情况，并考虑职工本人意愿，统筹安排职工年休假。
年休假在1个年度内可以集中安排，也可以分段安排，一般不跨年度安排。单位因生产、工作特点确有必要跨年度安排职工年休假的，可以跨1个年度安排。
单位确因工作需要不能安排职工休年假的，经职工本人同意，可以不安排职工休年假。对职工应休未休假天数，单位应当按照该职工日工资收入的300%支付年休假工资报酬。
第六条
县级以上地方人民政府人事部门、劳动保障部门应当依据职权对单位执行本条例的情况主动进行监督检查。
工会组织依法维护职工的年休假权利。
第七条
单位不安排职工休年休假又不依照本条例规定给予年休假工资报酬的，由县级以上地方人民政府人事部门或者劳动保障部门依据职权责令限期改正;对逾期不改正的，除责令该单位支付年休假工资报酬外，单位还应当按照年休假工资报酬的数额向职工加付赔偿金;对拒不支付年休假工资报酬、赔偿金的，属于公务员和参照公务员法管理的人员所在单位的，对直接负责的主管人员以及其他直接责任人员依法给予处分;属于其他单位的，由劳动保障部门、人事部门或者职工申请人民法院强制执行。
第八条
职工与单位因年休假发生的争议，依照国家有关法律、行政法规的规定处理。
第九条
国务院人事部门、国务院劳动保障部门依据职权，分别制定本条例的实施办法。
综合上面所说的，休假用人单位是不会扣工资的，这种情况应该是带薪休息，如果用人单位利用休假的期间而扣克劳动者的工资那么这种做法完全是违反了法律的规定，作为劳动者是有权利向劳动部门举报，从而保护个人的利益。
法律依据：《职工带薪年休假条例》第二条规定
机关、团体、企业、事业单位、民办非企业单位、有雇工的个体工商户等单位的职工连续工作1年以上的，享受带薪年休假(以下简称年休假)。单位应当保证职工享受年休假。职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。
二、职工有下列情形之一的，不享受当年的年休假：
(一)职工依法享受寒暑假，其休假天数多于年休假天数的;
(二)职工请事假累计20天以上且单位按照规定不扣工资的;
(三)累计工作满1年不满10年的职工，请病假累计2个月以上的;
(四)累计工作满10年不满20年的职工，请病假累计3个月以上的;
(五)累计工作满20年以上的职工，请病假累计4个月以上的。