户口不在同一户口本，证明亲子关系的途径（包括，但不限于）：1，找到当事人以前户口迁出前的老户口本，上面有当事人父母及当事人的详细户籍信息（何时出生申报，亲属关系、何时迁走等）；2，如果找不到原先的户口本了，可以去父亲的户口所在地派出所开具户籍关系证明；3，也可以去父亲户口所在地的村（居）委会，凭当事人的身份证、老户口本等，要求出具亲属关系证明；4，还可以通过证明和父亲其他子女或者母亲的关系来间接证明当事人和父亲的亲属关系。

法律依据：

《中华人民共和国户口登记条例》第四条户口登记机关应当设立户口登记簿。

城市、水上和设有公安派出所的镇，应当每户发给一本户口簿。

农村以合作社为单位发给户口簿合作社以外的户口不发给户口簿。

户口登记簿和户口簿登记的事项，具有证明公民身份的效力。