法律分析:

两者只有一个区别，仅在于签注有效期不同：一年往返一次的签注有效期为一年；三个月往返一次的签注有效期为三个月。

三个月一次，就是该签注3个月内可以去一次；而一年一次就是签注1年内可以去一次。如需在有效期内多次往返，可根据签注种类申请办理三个月多次有效、一年多次有效。

法律依据:

公安部《中国公民因私事往来香港地区或者澳门地区的暂行管理办法》第三条内地公民因私事前往香港、澳门，凭我国公安机关签发的前往港澳通行证或者往来港澳通行证从指定的口岸通行；返回内地也可以从其他对外开放的口岸通行。

指定的口岸；往香港是深圳，往澳门是拱北。