合法。单位可以合理扣除工资，如果您觉得不合理，可以直接通过仲裁来处理此事，公司所有的规章制度，都要在合法的前提下制订。但这些涉及到员工利益的规定，必须要经过职代会或职工大会讨论通过并公告，否则是无效的。
法律依据：
《中华人民共和国劳动合同法》第四条用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。