律师分析：

1、土地性质不一样。回迁房是由政府统一来划分土地，土地性质是属于国有划拨土地小产权房未经过国家正规手续的审批，占用农村集体土地建设的房屋。

2、产权性质不一样。回迁房是有房产证，或是拆迁协议今后能办理房产证的，而小产权房是没有房产证，或者其房产证是乡政府颁发的，不受房管局认可的。

3、能否上市交易不一样。有房产证的回迁房是可以像商品房一样，在二手房市场交易的，而小产权房则不可以，交易有风险。

4、能否抵押贷款不一样。有房产证的回迁房还可以像商品房一样抵押贷款，而小产权房则不可以在银行抵押贷款。

【法律依据】：

《中华人民共和国民法典》第二百一十条不动产登记，由不动产所在地的登记机构办理。国家对不动产实行统一登记制度。统一登记的范围、登记机构和登记办法，由法律、行政法规规定。