违章建筑的认定是由住建部门和市政管理部门(城管)负责的。违章建筑的认定是由县级以上人民政府土地行政主管部门负责的，现实情况中一般是由住建部门和市政管理部门负责的。对于一些未经过国土资源、城建管理部门审批、同意的房屋建筑、附属建筑构造等，皆属于违章建筑，对于这类建筑，若是位于城市建成区，可向当地市级的城建部门、或是规划部门投诉，要求依法拆除;若是位于农村地区，则要向当地的国土资源部门投诉。违章建筑的拆除由城管部门主管。

一、违章建筑的认定：

1、未经批准在承包地、宅基地等集体土地上新建、修建和扩建的建筑物、构筑物，并且该土地使用权是通过农民私自转让取得的。

2、没有取得建设工程规划许可证，或者虽然取得建设工程规划许可证，但没有按照批准范围、内容施工的。

3、在拆迁征收范围确定后实施新建、扩建、改建的建筑物和构筑物。

4、占有国有土地和在农村非法占有集体土地新建、修建和扩建的建筑物、构筑物。

5、在现有房屋四周、院落、屋顶、阳台自建的建筑物。

6、未经批准在过道、马路边、公共绿地、人行道等土地上搭建的棚亭、房屋等。

二、违章建筑的拆除程序：

1、调查询问、现场勘验

2、责令停止违法行为

3、行政处罚权力告知

4、作出行政处罚决定

5、执行。

法律依据：

《中华人民共和国城乡规划法》第六十八条城乡规划主管部门作出责令停止建设或者限期拆除的决定后，当事人不停止建设或者逾期不拆除的，建设工程所在地县级以上地方人民政府可以责成有关部门采取查封施工现场、强制拆除等措施。

《中华人民共和国土地管理法》第八十三条依照本法规定，责令限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施的，建设单位或者个人必须立即停止施工，自行拆除；对继续施工的，作出处罚决定的机关有权制止。建设单位或者个人对责令限期拆除的行政处罚决定不服的，可以在接到责令限期拆除决定之日起十五日内，向人民法院起诉；期满不起诉又不自行拆除的，由作出处罚决定的机关依法申请人民法院强制执行，费用由违法者承担。