法律分析：自建房罚款后算合法面积需要根据实际情况判断。若建房已经办理了合法的审批手续，有相关的宅基地使用权证书、规划许可证，针对面积超标的情况主动向审批机关报告，补交一定费用，算合法面积。但是，如果隐瞒面积超标的情况，被有关部门查处到，就会被视为违章建筑，那么不仅需要进行罚款，还要被要求限期拆除。

法律依据：《中华人民共和国土地管理法》第七十八条农村村民未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅的，由县级以上人民政府农业农村主管部门责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋。超过省、自治区、直辖市规定的标准，多占的土地以非法占用土地论处。