法律分析：实际上班按旷工处理是不合法的，虽然打卡是公司的管理制度，但是实际履行了劳动义务却视为旷工的制度显然超出了企业自治的范围，所以不合法。根据我国相关法律的规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
法律依据：《中华人民共和国劳动法》第四十六条 工资分配应当遵循按劳分配原则，实行同工同酬。工资水平在经济发展的基础上逐步提高。国家对工资总量实行宏观调控。
《中华人民共和国劳动法》第五十条 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
《中华人民共和国劳动法》第五十一条 劳动者在法定休假日和婚丧假期间以及依法参加社会活动期间，用人单位应当依法支付工资。