法律分析：证据不足不能认定被告人有罪的应当作出不起诉决定或无罪判决。即在侦查起诉阶段二次补充侦查后证据仍然不足，人民检察院应作出不起诉决定；若在审判阶段应作出无罪判决。

法律依据：《中华人民共和国刑事诉讼法》

第一百七十五条人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料；认为可能存在本法第五十六条规定的以非法方法收集证据情形的，可要求其对证据收集的合法性作出说明。人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可退回公安机关补充侦查，也可自行侦查。对于补充侦查的案件，应在一个月以内补充侦查完毕，以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍认为证据不足，不符合起诉条件的，应作出不起诉的决定。

第二百条在被告人最后陈述后，审判长宣布休庭，合议庭进行评议，根据已经查明事实、证据和有关法律规定，分别作出以下判决：（一）案件事实清楚，证据确实、充分，依据法律认定被告人有罪的，应当作出有罪判决；（二）依据法律认定被告人无罪的，作出无罪判决；（三）证据不足，不能认定被告人有罪的，应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。