1、定点医院不同。2、报销比例不同，各地情况不一样，一般是市医保报销比例高于县医保。3、市医保只能是市直单位的职工和档案在市人才代理中心保管且办有市养老统筹的办理，县医保只能是县直单位的职工和档案在县人才代理中心保管且办有县养老统筹的办理。

法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第三十条下列医疗费用不纳入基本医疗保险基金支付范围：

(一)应当从工伤保险基金中支付的;

(二)应当由第三人负担的;

(三)应当由公共卫生负担的;

(四)在境外就医的。

医疗费用依法应当由第三人负担，第三人不支付或者无法确定第三人的，由基本医疗保险基金先行支付。基本医疗保险基金先行支付后，有权向第三人追偿。