法律分析：年终奖扣税可以申请退税，只要你在进行年度综合汇算之后符合退税的标准就可以申请退，不过年终奖有两种征税方式。税率高的建议单独征税。如果达不到征税标准，建议合并征税，这样退税金额更高。两种征税方式可以都试试看，选择退税金额较高的就行。先用年终奖除以12得到的商数，确定税率，速算扣除数；然后用全年一次性奖金*适用税率-速算扣除数计算个人所得税；如果当月工资低于5000，需要用年终奖减去与5000的差额，然后按上述方法计算的。凡支付个人应纳税所得的企业(公司)、事业单位、机关、社团组织、军队、驻华机构、个体户等单位或者个人、为个人所得税的扣缴义务人。这里所说的驻华机构，不包括外国驻华使领馆和其他依法享有外交权利和豁免的国际组织驻华机构。

法律依据：《中华人民共和国个人所得税法》第三条个人所得税的税率：（一）综合所得，适用百分之三至百分之四十五的超额累进税率（税率表附后）；（二）经营所得，适用百分之五至百分之三十五的超额累进税率。（三）利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得和偶然所得，适用比例税率，税率为百分之二十。