投资协议发生纠纷的处理办法：

1、协商，双方在友好的基础上协商，通过相互协商解决纠纷，是最好的方式；

2、调解，合同当事人不能协商一致的，可以要求有关机构调解；

3、仲裁，合同当事人协商不成，不愿调解的，可以根据合同规定的仲裁条款或双方在纠纷发生后达成的仲裁协议向仲裁机构申请仲裁；

4、诉讼，当事人可以向法院起诉合同纠纷，寻求司法解决。以上都是关于一般特征的。如有涉外合同纠纷，可能涉及外国法律。

【本文关联的相关法律依据】

《中华人民共和国民法典》

第五百三十三条合同成立后，合同的基础条件发生了当事人在订立合同时无法预见的、不属于商业风险的重大变化，继续履行合同对于当事人一方明显不公平的，受不利影响的当事人可以与对方重新协商；在合理期限内协商不成的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构变更或者解除合同。

人民法院或者仲裁机构应当结合案件的实际情况，根据公平原则变更或者解除合同。