根据所涉嫌的罪名处罚，在套取国家专项资金过程中，负有直接审核职责的国家机关工作人员起主要作用，积极指使、参与、帮助资金使用人弄虚作假，并对套取的国家专项资金进行私分，非法占为己有的，无论资金使用人是否构成犯罪，均以追究相关国家机关工作人员刑事责任；国家机关工作人员本人系资金直接使用人，符合贪污罪构成要件的，按贪污罪定罪处罚；套取国家专项资金的使用人涉嫌诈骗等犯罪，国家机关工作人员在审核资金使用人提供的材料时，明知或应当明知条件虚构，仍予以纵容、帮助，或者不认真履行职责，严重不负责任，没有审查出相关材料虚假而使国家专项资金被骗取的，应当分别以、追究相关国家机关工作人员刑事责任；实施上述行为，又收受贿赂，构成的，数罪并罚。

具体规定是：

凡违反国家财经法规及其他有关规定，侵占、截留国家和单位收入，未列入本单位财务会计部门帐内或未纳入预算管理，私存私放的各项资金，均属小金库。

对清查出的“小金库”资金，按照“自查从宽，被查从严”的原则进行处理。凡自清自查出的资金，要如数转入单位财务帐内，按照税法的有关规定单独计算交纳流转税、所得税或全额上交财政。

单位和个人违反财务管理的规定，私存私放财政资金或者其他公款的，责令改正，调整有关会计账目，追回私存私放的资金，没收违法所得。对单位处3000元以上5万元以下的罚款；对直接负责的主管人员和其他直接责任人员处2000元以上2万元以下的罚款。属于国家公务员的，还应当给予记大过处分；情节严重的，给予降级或者撤职处分。

对被审计单位违反国家规定的财务收支行为由审计机关在法定职权范围内责令改正，给予警告，通报批评，依照规定对违法取得的资产作出处理；有违法所得的，处以违法所得1倍以上5倍以下的罚款；没有违法所得的，处以5万元以下的罚款。

有财政违法行为的单位，其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，以及有财政违法行为的个人，属于国家公务员的，由监察机关及其派出机构(以下统称监察机关)或者任免机关依照人事管理权限，依法给予行政处分。