（一）结果不同。权利人超过保证期间诉请权利的，法律对于权利人的实体权利不予保护，即，义务人因权利人怠于行使权力而免责，债权债务关系终止。而权利人如果在诉讼时效期间怠于行使权力的，权利人的实体权利并不丧失，其丧失的为胜诉权，即权利人的诉讼利益将无法获得法律保护，超过诉讼时效期间，当事人自愿履行债务的，不受诉讼时效限制，从此法律规定可以也可以看出，权利人超过诉讼时效诉请权利的，其实体权利依然存在。

（二）保证期间具有约定性和法定性，诉讼时效是法定的，不可以约定。根据我国法律规定，保证期间原则上是约定期间，可以由当事人自有协商确定，在当事人没有约定或者约定不明或约定无效时，适用法定的保证期间。而诉讼时效为法律的强制性规定，根据《最高人民法院关于审理民事案件适用诉讼时效制度若干问题的规定》规定，当事人违反法律规定，约定延长或者缩短诉讼时效期间、预先放弃诉讼时效利益的，人民法院不予支持的规定，当事人不能预先排除或妨碍诉讼时效的适用，否则其约定无效。

（三）保证期限是不变期间，诉讼时效是可变期间。保证期间为除斥期间，根据除斥期间理论，除斥期间为不变期间，权利人超过除斥期间怠于行使权力将使权利义务归于消灭，设立除斥期间的目的是为了督促权利人及时行使权利，使权利义务的不特定性归于确定，同时保障法律关系的稳定。诉讼时效与保证期间有别，诉讼时效可以因特定事由中止、中断、延长。由于保证期间上述特性，要求权利人必须在一定期限内行使权利，这无疑加大了权利人的责任，在实务中，往往有权利人因对法律不了解而丧失保证权利的案件发生，因此，为了维护权利人的合法权益，不因由于超过保证期间行使权利而蒙受重大损失，权利人必须与保证人就保证期间达成约定，且约定必须明确。