法律分析:

效力方面有所区别。一般来说专用条款优先于通过用条款和协议书，除非双方另有约定。专用条款：是发包人与承包人根据法律、行政法规规定，结合具体工程实际，经协商达成一致意见的条款，是对通用条款的具体化、补充或修改。

法律依据:

《中华人民共和国民法典》第四百六十五条依法成立的合同，受法律保护。依法成立的合同，仅对当事人具有法律约束力，但是法律另有规定的除外。