大豆的茎包括主茎和分支，源于种子中的胚轴和胚芽。茎由 节和节间组成，节就是叶柄在茎上的着生处。子叶节着生1对子叶，第1真叶节着生1对单叶，其余节着生1片三出复叶，叶腋 处着生腋芽，腋芽分化成分支和花序。2个节之间部分称为节间。 主茎节数一般是从子叶节算起，至主茎顶端的实际节数。
一般品种具有12〜20节，多则达25节以上，有的早熟品种仅有8〜9 节，下部节间短，上部节间长。一般品种茎秆坚軔，近圆锥形， 也有极少数品种为扁平茎。幼茎的颜色有紫色和绿色2种，紫茎开紫花，绿茎开白花。幼茎的颜色可作为鉴别品种的重要依据。
茎在成熟时呈现出品种固有的颜色，有淡褐、褐、深褐、黑或淡 紫等。茎上一般生有茸毛，具有保护茎的作用。按主茎生长形态可将大豆分为蔓生、半直立和直立3种类型。对于同一品种，由 于环境条件改变，这3种类型亦有所改变。如降雨过多，种植较 密或氮肥施用过多，直立或半直立类型常变为半直立或蔓生型。
又如高纬度地区，半直立型品种引种到低纬度地区，常表现直立 性状；反之，将低纬度地区的直立型品种引种到高纬度地区，也 会出现半直立倾向。在同一地区，有的品种春播表现半直立状态，而夏播则呈直立状态。叶腋处形成分支和花序。一般在植株基部各节多形成分支，中 上部各节形成花簇，有的品种在植株的中下部的叶腋处同时着生分 支和花簇。
从主茎上生出的分支称第1次分支，从第1次分支节上分生的分支称第2次分支。大多数品种仅有第1次分支。分支也由 节和节间组成，分支的节数，因品种特性分支着生的部位不同而有 差异。有些品种的分支仅有1节，节的顶端着生1簇花序，这种分支称为亚果枝。
不同品种，分支多少不一样，一般为2〜3个，多者可达10个以上，还有的品种没有分支。分支多少受环境条件影 响较大，在稀植、肥水条件良好的情况下，分支增多；而在密植、 土壤瘠薄、通风透光差的情况下，分支减少或没有分支。一般是从第1片复叶的叶腋处长出最初的分支，顺次由上一节位长出第2分 支、第3分支，这些分支是互生的。

有时也可以从子叶节或第1真 叶节的叶腋部长出分支，这样的分支是对生的。产生分支和主茎的出叶顺序有一定的规律，主茎出现第5片复叶后，在第1片复叶节 上产生分支，依次至上节位。因此，主茎出叶和分支产生相差4〜5 节。但这种规律有时会因环境条件变化，在应该产生分支的叶腋，腋芽休眠，推迟了分支的产生。