员工工资扣税方法为由企业进行核算，并在发放给职工前进行代扣代缴，然后统一到当地地税局申报缴纳。工资扣税等于全月应纳税所得额×税率-速算扣除数全月应纳税所得额。

法律依据：

《中华人民共和国个人所得税法》第六条应纳税所得额的计算：

（一）居民个人的综合所得，以每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额；

（二）非居民个人的工资、薪金所得，以每月收入额减除费用五千元后的余额为应纳税所得额；劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得，以每次收入额为应纳税所得额；

（三）经营所得，以每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，为应纳税所得额；

（四）财产租赁所得，每次收入不超过四千元的，减除费用八百元；四千元以上的，减除百分之二十的费用，其余额为应纳税所得额；

（五）财产转让所得，以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额；

（六）利息、股息、红利所得和偶然所得，以每次收入额为应纳税所得额。