劳动合同有5000的违约金是否合理需要看是否超过了合同总额的20%。合同违约金以当事人约定为准，法律没有具体规定合同违约金上限，合同违约金以当事人约定为主，可以约定具体数额，也可以约定计算方法，如果约定的违约金过高或者过低，当事人可以请求予以减少或增加。如果是定金合同，约定定金数额不得超过主合同标的额的20%。【法律依据】《工资支付暂行规定》第十六条 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。,法律依据：《工资支付暂行规定》第十六条 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。