毕业证工本费如果是首次时收取不合法，丢失后补办收取工本费是合法的。学校在首次为学生办理学生证、借书证、毕业证、就餐卡等学生在校学习生活中必须使用或应当取得的证卡时，不得收取各类证卡工本费。

【本文关联的相关法律依据】

《教育部关于当前加强高等学校学历证书规范管理的通知》第七条

国家和省级教育行政部门要加强对高等教育学历证书的监督与管理，严格学历证书电子注册制度。对违规操作、滥发学历证书的高等学校，要追究有关人员的责任，并由教育行政部门宣布证书无效，责令收回或者予以没收；情节严重的，取消其颁发证书的资格。