合法。无论是什么原因，如果想扣发某个职工工资，不管是作为惩罚措施扣一两个月工资，还是长期扣发，都必须由单位向人社局提出申请，并说明原因，提供扣发依据。经人社局工资审核机构审核并出具相关信函后，才可以扣发。扣发工资的行为，也是由财政局直接扣发，而并非发到单位，由单位扣留，甚至挪作他用。因此，如果单位因个人违规、违纪等行为，想通过扣发当月工资的手段进行惩罚，其过程比较复杂，操作起来也比较困难，基本上很难行得通。

法律依据:

《中华人民共和国劳动合同法》

第三十条用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。

第四十四条有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。