股东章程和股东协议的区别如下：1、法定性不一样。公司章程依法是必须制定的，而股东合伙协议则法律没有要求股东必须签署，在法律规定的范围内，股东合伙协议是可有可无的；2、约束的对象不同。股东合伙协议主要是对签署协议的各方股东有约束力，而章程则是对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力，两个文件约束的对象不一样，似乎公司章程更为宽泛一些，即便是没有参与制定的公司、董事、监事、高级管理人员也是需要受到它的约束的；3、隐私保护程度不同。股东合伙协议不需要公开，也不需要到公司登记部门备案，仅仅是在股东之间保存即可，具有较强的隐私性，对于股东之间的隐私具有很强的保护性。即便是存在股权代持的问题，实际投资人之间签署了股东合伙协议，但是在公司章程里面备案的股东姓名、名称以及在公司登记部门登记的股东姓名、名称可以不是真实的投资者，可以由他人作为名义股东，成为实际出资人的股权的代持人。股东章程和股东协议相冲突解决方法如下：1、如设立协议与公司章程发生冲突时，应以公司章程为准；2、如公司章程中未规定的事项，股东在公司设立协议中予以约定的，该约定时签约的股东继续有效。综上所述，股东章程和股东协议的区别在于法定性不一样、约束的对象不同、隐私保护程度不同。虽然，公司设立协议一般只约定设立过程中的相关权利义务，但也有一些公司设立协议中会就公司的存续甚至今后解散的相关事项做出约定。【法律依据】：《中华人民共和国公司法》第二十五条有限责任公司章程应当载明下列事项：（一）公司名称和住所；（二）公司经营范围；（三）公司注册资本；（四）股东的姓名或者名称；（五）股东的出资方式、出资额和出资时间；（六）公司的机构及其产生办法、职权、议事规则；（七）公司法定代表人；（八）股东会会议认为需要规定的其他事项。股东应当在公司章程上签名、盖章。第二十六条有限责任公司的注册资本为在公司登记机关登记的全体股东认缴的出资额。法律、行政法规以及国务院决定对有限责任公司注册资本实缴、注册资本最低限额另有规定的，从其规定。