农村合作医疗保险的报销流程是：1、患者在定点医疗机构住院的，出院结帐时直接刷卡报销；2、在公立医疗机构医院住院治疗的，出院后到新农合窗口报销医药费用。

《中华人民共和国社会保险法》第二十八条符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。《中华人民共和国社会保险法》第二十九条参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。