超期羁押，说到底是一个程序违法的问题，程序违法实际上是主观方面的认识以及执法能力和执法水平的问题，所以从根本上解决超期羁押的问题是完全可能的。主要应从以下几方面采取措施：

(一)充分认识变相羁押问题的危害性，转变思想观念。

超期羁押犯罪嫌疑人、被告人不仅影响政法机关执法严肃性，妨害刑事诉讼活动的顺利进行，还严重侵犯了犯罪嫌疑人的合法权益，是造成司法不公的一个重要原因。要进一步提高办案人员对超期羁押的认识，转变思想观念，把严格、公正执法作为各级政法机关的首要任务来抓。政法机关必须进一步端正执法思想，提高办案人员依法办案的自觉性，深入学习刑事诉讼法、行政诉讼法、国家赔偿法等适用法律法规。强化法制观念，增强程序法的意识，杜绝重实体、轻程序的错误思想，对法律高度负责，牢固树立证据意识、时效意识、赔偿意识及人权意识。

(二)加强制度建设，规范执法行为，实现各项执法工作的制度化、正规化。

1、认真实行换押制度，防止超期羁押犯罪嫌疑人、被告人，各级办案机关要认真执行换押制度，尤其是移送单位必须立即将换押证复印件或传真给看守所，接案单位应在接案后三日内及时到看守所换押;

2、对羁押期限实行登记催办制度，准确掌握每一个被羁押人员的诉讼阶段和诉讼期限，将被羁押人员不同诉讼阶段的法律手续和羁押期限进行必要的登记，登记必须及时、准确、详细。催办制度是对即将超期的案件，由看守所催促办案单位及时予以办结或移送的一项制度;

3、建立超期羁押处罚办法，制订《超期羁押追究责任办法》，把超期羁押与各政法机关的执法质量考核挂钩，把依法办案作为各部门年终工作考评的一项重要内容，实行奖惩兑现。

(三)强化监督制约机制，加大执法临督力度。

1、加强各单位及其内部监督。发挥法制、纪检监察和看守所监督制约作用，形成办案部门相互制约机制，杜绝不按规定审批延长羁押期限，防止超期羁押犯罪嫌疑人、被告人。

2、检察机关要加强法律监督，驻所检察室要充分履行监督职能，对超期羁押的发现一件纠正一件，并定期通报，加大法律监督力度。

3、是各单位要对被押的犯罪嫌疑人、被告人实行跟踪监督，并制定催办、纠正超期羁押方面的制度和措施，并与纪检、监察部门协调，从根本上促进办案人员严格依法办案。

(四)加强公、检、法部门的协调配合。

公、检、法各部门进行刑事诉讼活动分工负责，相互配合，相互制约，确保有效地执行法律，保证刑事诉讼活动的顺利进行，共同努力杜绝和根除超期羁押现象，树立政法机关在人民群众中的良好形象，促进社会主义法制建设。