法律分析：

补充侦查期限超了公安机关的处理方法：

1、第一次侦查超期的，可以在第二次侦查中处理；

2、第二次超过的，检察院决定不起诉。补充侦查案件应当在一个月内完成。补充调查移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。对二次补充侦查的案件，人民检察院仍认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。

法律依据：

《中华人民共和国刑事诉讼法》

第一百七十五条人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料；认为可能存在本法第五十六条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。

人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。

对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。

对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。