政府部门强拆养殖场是否合法主要看程序上是否合法，是否取得法院批准，如果是暴力强拆往往是不合法的。政府在城镇化过程中，对养殖场征收，会对当事人补偿。对拿到补偿款又不搬迁的，可以实施强拆，另外，对违建养殖场拆迁也是合法的。看情况而定。养殖场强拆是需要合法程序的，如果强拆程序不合法的，被拆迁人可以申请行政复议或者提起行政诉讼维护自己利益。对禁养区内的养殖场未进行拆迁补偿的，是禁止强制拆迁的，但如果已经进行补偿，而拒绝搬迁的除外。司法强拆不违法，暴力强拆违法。司法强拆是指被征收人在法定期限内不申请行政复议或者不提起行政诉讼，又不履行补偿决定的，由作出房屋征收决定的市、县级人民政府依法申请人民法院强制执行。作出房屋征收决定的市、县级人民政府对被征收人给予补偿后，被征收人应当在补偿协议约定或者补偿决定确定的搬迁期限内完成搬迁。综上所述，对养殖场强拆是否合法，主要看拆迁部门是否有合法手续，如司法强拆是否取得法院批文，强拆的程序是否符合法律规定，拆迁部门没有通知就强拆，或者没有支付补偿款强拆的，可以认定违法强拆，养殖场主人可以主张国家赔偿。

司法强制拆迁由市、县级人民政府向法院申请，经审查后，由法院按民事诉讼程序实施强制拆迁。行政机关向人民法院申请强制执行，应当提供下列材料：强制执行申请书；

行政决定书及作出决定的事实、理由和依据；当事人的意见及行政机关催告情况；法律、行政法规规定的其他材料。

法律依据：《中华人民共和国城乡规划法》第六十六条建设单位或者个人未经批准进行临时建设的，由所在地城市、县人民政府城乡规划主管部门责令限期拆除，可以并处临时建设工程造价一倍以下的罚款。