农药经营许可证办理流程为：详见级以上地方农业部门提交相关材料申请—选择是否受理—对农药经营许可申请材料进行审查，必要时进行实地核查或者委托下级农业主管部门进行实地核查—20日内作出审批决定—发证。
《农药经营许可管理办法》第十条 县级以上地方农业部门应当对农药经营许可申请材料进行审查，必要时进行实地核查或者委托下级农业主管部门进行实地核查。 《农药经营许可管理办法》第十一条 县级以上地方农业部门应当自受理之日起二十个工作日内作出审批决定。符合条件的，核发农药经营许可证；不符合条件的，书面通知申请人并说明理由。