1、检察院发现超期羁押后，按以下情形处理：

(1)发现同级或者下级公安机关、人民法院超期羁押的，应当向该办案机关发出纠正违法通知书。

(2)发现上级公安机关、人民法院超期羁押的，应当及时层报该办案机关的同级人民检察院，由同级人民检察院向该办案机关发出纠正违法通知书。

(3)对异地羁押的案件，发现办案机关超期羁押的，应当通报该办案机关的同级人民检察院，由其依法向办案机关发出纠正违法通知书。

2、法律依据：《人民检察院刑事诉讼规则》第六百一十八条

一、亲属被羁押应该怎么办

在得知亲属被公安机关羁押后，应先搞清楚羁押性质，是治安拘留还是刑事拘留，是治安拘留的最长时间15天，如果是刑事拘留的应搞清楚所涉嫌的罪名。书面通知中会写明羁押性质、涉嫌的罪名等内容，在搞清楚以上情况后，应尽可能的了解与案件有关的相关情况，并及时与专业人士(如律师或其它刑事法律界人士)联系咨询。

如对所犯案的基本事实已经清楚且确实构成犯罪的(如打人致人重伤构成故意伤害罪)，则公安阶段律师最多起到去看守所看望、安慰的作用，经济条件一般的，在公安阶段就不一定要聘请律师，可在检察、法院阶段再聘请律师，从辩护律师的角度来寻求从轻、减轻处罚。

对所犯案的事实不清楚的，可在公安阶段聘请律师向公安机关了解所涉嫌的罪名，去看守所会见，向犯罪嫌疑人了解有关案件情况。在了解了相关情况后再决定下一步方案。

对所涉及的基本事实清楚但不认为是犯罪的，应及时聘请律师去看守所会见，提供相关法律咨询。如最终公安机关撤销案件的，则不再有检察、法院阶段。如公安机关仍向检察院移送起诉的，则在审查起诉(检察)阶段、审判阶段(法院)，律师在看了相关材料后，与检察机关交换意见或在审判阶段作无罪辩护。